{"id":40,"date":"2015-10-10T22:20:25","date_gmt":"2015-10-10T21:20:25","guid":{"rendered":"http:\/\/scarab-obs.fr\/?page_id=40"},"modified":"2020-03-20T09:56:18","modified_gmt":"2020-03-20T08:56:18","slug":"objectifs","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/projet-de-recherche\/objectifs\/","title":{"rendered":"Objectifs"},"content":{"rendered":"<blockquote>\n<p><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Pour pouvoir \u00e9valuer le plus pr\u00e9cis\u00e9ment possible l\u2019ampleur de l\u2019appauvrissement de la biodiversit\u00e9 il faut des indicateurs fiables ; cela&nbsp; implique des progr\u00e8s techniques importants.<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>De ce fait, les objectifs de ScaraB'obs sont :<\/p>\n<ol>\n<li>\u00c9laborer des <strong>techniques<\/strong> qui permettent de d\u00e9tecter la pr\u00e9sence des esp\u00e8ces \u00e0 partir des traces que celles-ci laissent dans l\u2019environnement (\u00ab <strong>ADN environnemental<\/strong> ou ADNe \u00bb). Les enjeux porteront principalement sur l\u2019\u00e9talonnage de la m\u00e9thode et la d\u00e9finition de ses limites (fid\u00e9lit\u00e9, d\u00e9tectabilit\u00e9).<\/li>\n<li>\u00c9laborer des <strong>mod\u00e8les\/cartes de distribution potentielle<\/strong> pour chaque esp\u00e8ce pour disposer d\u2019un r\u00e9f\u00e9rentiel n\u00e9cessaire \u00e0 l\u2019\u00e9valuation de l\u2019\u00e9tat de conservation de la biodiversit\u00e9. Les mod\u00e8les seront \u00e9labor\u00e9s \u00e0 partir des donn\u00e9es disponibles dans la base de donn\u00e9es nationale. L\u2019\u00e9tat de conservation sera \u00e9valu\u00e9 en confrontant la biodiversit\u00e9 potentielle totale (issue des mod\u00e8les) au r\u00e9sultat des inventaires r\u00e9alis\u00e9s gr\u00e2ce \u00e0 l\u2019ADNe.<\/li>\n<li>Constituer le <strong>r\u00e9seau de partenaires<\/strong> institutionnels capable de s\u2019approprier les innovations scientifiques et techniques d\u00e9velopp\u00e9es pour mettre en \u0153uvre une \u00e9valuation dynamique de la biodiversit\u00e9 \u00e0 l\u2019\u00e9chelle r\u00e9gionale et nationale (<strong>strat\u00e9gie d\u2019observatoire et de d\u00e9ploiement local\/r\u00e9gional<\/strong>).<\/li>\n<\/ol>\n<p><\/p>\n\n\n<p class=\"has-background has-medium-font-size has-light-green-cyan-background-color\"><strong>Vous avez dit ADNe ?<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>Le monitoring ADNe repose sur la collecte de substrats environnementaux (eau, \u00e9corces, sol\u2026) dans lesquels est extrait l\u2019ADN. Celui-ci est ensuite analys\u00e9, sur la base du barcoding ou du metabarcoding, pour voir s\u2019il correspond \u00e0 un ou plusieurs taxons cibl\u00e9s (Culver <em>et al.<\/em> 2011&nbsp;; Taberlet <em>et al<\/em>. 2012). Cette m\u00e9thode repose donc sur l\u2019existence pr\u00e9alable d\u2019une base de r\u00e9f\u00e9rence de \u00ab&nbsp;codes barre&nbsp;\u00bb (majoritairement fragments d\u2019un g\u00e8ne mitochondrial dit \u2018COI\u2019 pour cytochrome oxydase I mais \u00e9galement la s\u00e9quence d\u2019ARN ribosomique 16S (ARNr 16S)) pour les esp\u00e8ces que l\u2019on souhaite inventorier (Hebert <em>et al.<\/em> 2003&nbsp;; Miller <em>et al.<\/em> 2016). Cet ADN trouv\u00e9 dans l\u2019environnement peut provenir d\u2019urine, f\u00e8ces, sang, salive, poils, plumes, entre autres. Nous pouvons donc parler d\u2019ADN extracellulaire (Miaud <em>et al.<\/em> 2012&nbsp;; Bohmann <em>et <\/em>al. 2014 ; Thomsen &amp;Willerslev 2015).<\/p>\n\n\n\n<p style=\"color:#7b6d6d;text-align:center\" class=\"has-text-color has-small-font-size\">Voici quelques exemples d\u2019organismes dont l\u2019ADN a \u00e9t\u00e9 collect\u00e9 dans l\u2019environnement. D\u2019abord il y a pr\u00e9l\u00e8vement de l\u2019ADNe dans un milieu ; apr\u00e8s l\u2019extraction, l\u2019ADN est amplifi\u00e9 par PCR (Polym\u00e9rase Chain Reaction), s\u00e9quenc\u00e9 et enfin confront\u00e9 aux bases de donn\u00e9es informatis\u00e9es, avant les conclusions sur la d\u00e9tection d\u2019une esp\u00e8ce en particulier (barcoding) ou d\u2019un peuplement dans son ensemble (metabarcoding). Illustration : C. Leandro.<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image\"><img loading=\"lazy\" width=\"1024\" height=\"1001\" src=\"http:\/\/scarab-obs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/Barc-Metabar-1024x1001.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-448\" srcset=\"https:\/\/scarab-obs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/Barc-Metabar-1024x1001.png 1024w, https:\/\/scarab-obs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/Barc-Metabar-300x293.png 300w, https:\/\/scarab-obs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/Barc-Metabar-768x751.png 768w, https:\/\/scarab-obs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/Barc-Metabar-960x939.png 960w, https:\/\/scarab-obs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/Barc-Metabar.png 1577w\" sizes=\"(max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<p align=\"justify\">Les inventaires bas\u00e9s sur l\u2019ADNe ont consid\u00e9rablement\naugment\u00e9 \u00e0 partir de 2010 (Leandro &amp; Miaud 2017) m\u00eame si la m\u00e9thode avait\nd\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 d\u00e9velopp\u00e9e dans les ann\u00e9es 1980 dans le contexte particulier de\nl\u2019inventaire de micro-organismes, tels que des bact\u00e9ries et des champignons\n(Nanney 1982&nbsp;; Hebert <em>et al.<\/em>\n2003&nbsp;;&nbsp;Culver <em>et al.<\/em> 2011;\nTaberlet <em>et al<\/em>. 2012). En parall\u00e8le,\nles techniques de s\u00e9quen\u00e7age du mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique ont consid\u00e9rablement\nprogress\u00e9 depuis une vingtaine d\u2019ann\u00e9es (Miaud <em>et al.<\/em> 2012). Il est aujourd\u2019hui possible d\u2019isoler et d\u2019amplifier\nde tr\u00e8s faibles quantit\u00e9s d\u2019ADN extracellulaire plus ou moins d\u00e9grad\u00e9\n(Hajibabaei&nbsp;<em>et al<\/em>. 2006 ;\nThomsen &amp; Willerslev&nbsp;2015). De plus, les co\u00fbts d\u2019analyse se sont\nconsid\u00e9rablement r\u00e9duits.<\/p>\n\n\n\n<p align=\"justify\">Avec des d\u00e9veloppements forts et des avantages r\u00e9els en\ntermes d\u2019automatisation (Gaston &amp; O'Neill 2004), de rapidit\u00e9 et de\npossibilit\u00e9 d\u2019identification des organismes sans destruction (Hebert &amp;\nGregory 2005&nbsp;; Lecq <em>et al.<\/em> 2015),\nl\u2019ADNe a contribu\u00e9 de fa\u00e7on majeure \u00e0 la \u00ab&nbsp;R\u00e9volution Mol\u00e9culaire&nbsp;\u00bb\n(Lawson Handley 2015) et s\u2019impose comme la m\u00e9thode de <em>monitoring<\/em> et d\u00e9termination de notre si\u00e8cle (Corlett 2017). <\/p>\n\n\n\n<p align=\"justify\">Les suivis bas\u00e9s sur l\u2019ADNe ont \u00e9t\u00e9 particuli\u00e8rement\nd\u00e9velopp\u00e9s en milieu aquatique (Ficetola <em>et\nal.<\/em> 2008&nbsp;; Miaud <em>et al<\/em>.\n2012&nbsp;; Spear <em>et al.<\/em> 2014)&nbsp;;\nces m\u00e9thodes d\u2019identification se sont largement d\u00e9mocratis\u00e9es comme un grand\nnombre de synth\u00e8ses et guides le d\u00e9montrent (Miaud <em>et al.<\/em> 2012 dans Sciences Eaux &amp; Territoires&nbsp;; Laramie <em>et al.<\/em> 2015 dans U.S. Geological Survey\nTechniques and Methods). L\u2019eau est en effet un substrat propice car\nrelativement homog\u00e8ne, notamment dans le cas de syst\u00e8mes ferm\u00e9s. En effet, la\nd\u00e9tection de l\u2019ADNe est d\u00e9pendante de la dispersion des micro-restes portant\nune information mol\u00e9culaire dans l\u2019environnement o\u00f9 ils ont \u00e9t\u00e9\n\u00ab&nbsp;laiss\u00e9s&nbsp;\u00bb (Thomsen <em>et al.<\/em>\n2012&nbsp;; Furlan <em>et al.<\/em> 2015). <\/p>\n\n\n\n<p align=\"justify\">Il y a quelques exemples en milieu terrestre (Bienert <em>et al.<\/em> 2012&nbsp;; Thomsen &amp;\nWillerslev 2015), mais ils restent encore minoritaires, si l\u2019on exclut les inventaires de communaut\u00e9s bact\u00e9riennes et fongiques dans le sol.<\/p>\n\n\n\n<p style=\"text-align:center\" class=\"has-background has-small-font-size has-very-light-gray-background-color\">Source : Extrait du Chapitre 2 (partie 2) du <a href=\"https:\/\/ged.biu-montpellier.fr\/florabium\/jsp\/win_main_biu.jsp?nnt=2018MON30055&amp;success=%2Fjsp%2Fwin_main_biu.jsp&amp;profile=anonymous\">manuscrit de th\u00e8se<\/a> de C. LEANDRO (2018) \"<em>Conservation de l\u2019entomofaune ordinaire : enjeux scientifiques et soci\u00e9taux<\/em>\".<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Pour pouvoir \u00e9valuer le plus pr\u00e9cis\u00e9ment possible l\u2019ampleur de l\u2019appauvrissement de la biodiversit\u00e9 il faut des indicateurs fiables ; cela&nbsp; implique des progr\u00e8s techniques importants. De ce fait, les objectifs de ScaraB'obs sont : \u00c9laborer des techniques qui permettent de d\u00e9tecter la pr\u00e9sence des esp\u00e8ces \u00e0 partir des traces que celles-ci laissent dans l\u2019environnement (\u00ab <a class=\"read-more\" href=\"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/projet-de-recherche\/objectifs\/\">...lire la suite <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":17,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/40"}],"collection":[{"href":"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=40"}],"version-history":[{"count":12,"href":"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/40\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":556,"href":"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/40\/revisions\/556"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/17"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/scarab-obs.fr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=40"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}